Les ectoparasites incluent une variété de parasites arthropodes comme les mites et tiques principales, occasionnellement des larves de mouches qui vivent dans les tissus résultant à des myiases et, dans des circonstances aquatiques, des sangsues.

Tiques

Les tiques sont hématophages, c’est-à-dire qu’elles se nourrissent de sang. Comme résultat, elles peuvent amener a une réduction de sang, elles peuvent transmettre des agents étiologiques, et peuvent aller jusqu’a ouvrir la peau permettant ainsi d’autres agents a s’attaquer au système immunitaire primaire. Il existe deux groupes majeurs de tiques : les tiques dures (hard ticks, Ixodidae) et les tiques légeres (soft ticks, Argasidae).
La plupars des tiques retrouvées sur les reptiles sont des oxidides. Les oxidides restent sur leur hotes toute leur vie, de la larve, aux nymphes, à la femelle adulte, et se nourrissent du sang de leur hote. Les argasides se nourrissent puis repartent aussitôt (tel un moustique). Ces tiques ont 5 étapes nymphales, contrairement a l’unique étape des ixodides.

Certaines tiques qui se nourrissent de sang de reptile incluent les Amblyomma, les Aponomma, les Haemophysalis, les Hyalomma et les Ixodes. Certaines tiques se nourrissent de reptiles uniquement durant leurs stades primaires. La famille des argasides incluent des espèces d’Ornithodoros et d’Argas, et se nourrissent généralement plus rapidement que les tiques dures. Un bon sommaire des différentes tiques et parasites est un livre écrit par Barnard et Durden. Récemment, une tique exotique capable de se nourrir de ruminants lui transmettant une maladie exotique a été trouvée sur une tortue africaine importée en Floride.

Mites

La mite la plus connue sur les reptiles est l’Ophionyssus natricis. C’est une peste commune sur les serpents captifs. Les hotes infestés se frottent contre les objets et restent dans leurs bols d’eau. Cela benifie la mort des mites, mais pas de leurs œufs. Les aoutats sont des larves de mites vivant librement et sont normalement trouvés sur les reptiles de la nature. Les infestations de mites sont récurrentes et persistantes même chez les propriétaires expérimentés car les mites ont un cycle de vie très complexe ce qui rend difficile le contrôle et l’éradication totale du parasite. Des espèces de Pterygosoma, de Geckobiella et de Hirstiella sont trouvés sur les lézards.

Myiases

Cette condition est détectée sur les tortues terrestres captives gardées a l’extérieur ou dans une colonie ou tous les individus circulent librement. La mouche femelle dépose ses larves dans une plaie ouverte. Les larves commencent alors à grandir et a muer deux fois avant de devenir mature et de quitté son hôte pour aller nymphoser sur le sol. Le temps de développement du temps de la larve entrant dans la plaie à larve nymphosante hors de la plaie prend environ de 43 à 52 jours. La région autour de cette plaie devient enflée à cause de la masse de vers en dessous de la peau et possiblement d’autres envahisseurs secondaires. L’espèce la plus commune causant cette condition chez les chéloniens terrestres comme la tortue de Gopher (gopherus polyphemus) et les tortues boites (de la famille des terepenes) est la Cistudinomyia cistudinis, mais il existe d’autres espèces de larves diptères causant des myiases chez les reptiles aussi.

Sangsues

Ces annélides hématophages sont trouvés sur les reptiles aquatiques comme les tortues et les crocodiliens. Les sangsues trouvées sur les alligators américains (alligator mississippiensis) sont les Placobdella multilineata et p. papillifera. Ces espece peuvent transmettre des hémogregarines non-pathogenes, comme l’haemogregarina crocodilinorum. L’infestation de nombreuses sangsues peut également causer de l’anémie chez les jeunes crocodiliens.

Quand des sangsues se nourrissent de sang d’animaux aquatiques, les lésions ouvertes peuvent permettre à des bactéries secondaires de s’y loger et d’établir des infections. Les sangsues marines (ozobranchus margoi) sont trouvées en nombre massif sur les tortues vertes (chelodia mydas), les tortues imbriquées (Eretmochelys imbricata), les tortues caouannes (caretta caretta) et les tortues de Kemp (lepidochelys kempii). Les grosses populations de cette espèce de sangsue sont habituellement vues sur les tortues sévèrement émaciées